Durch die Ausrufung der Republik war es trotzdem noch nicht ruhig in der Republik geworden. So gabe es laufend Machtkämpfe, die Pedro Santana 1861 gegen Buenaventura Baez gewann und somit den erneuten Anschluss an Spanien fixierte.
Gerade der Anschluss an Spanien machte dem Land zu schaffen. So gab es immer wieder Unruhen zwischen den Anhängern von Santana und Baez, welche aber mit der ersten echten Diktatur unter Ulises Heureaux beendet wurden. Ulises Heureaux wurde 1899 ermordet.